EPPO upozornila, že v dôsledku zmien by bola vážne ovplyvnená schopnosť Európskej prokuratúry efektívne vyšetrovať a stíhať trestné činy spadajúce do jej pôsobnosti a úroveň ochrany finančných záujmov EÚ v Slovenskej republike by sa prudko znížila. Pri možnom porušení zásad právneho štátu spomína smernicu o všeobecnom režime podmienenosti, ktorého cieľom je chrániť rozpočet Európskej únie.

Hlavná európska prokurátorka poznamenala, že rýchlosť, s akou slovenská vláda mieni pristúpiť k zmenám, vyvoláva vážne pochybnosti o dodržiavaní povinnosti lojálnej spolupráce. A vzhľadom na to, že by sa znížili odstrašujúce účinky, pokiaľ ide o trestné činy spadajúce do pôsobnosti EPPO, je podľa prokurátorky spochybnený aj zámer vlády splniť si svoju povinnosť účinne chrániť rozpočet Únie.

V konkrétnej rovine by to podľa EPPO minimalizovalo odhalenie možných podvodov poškodzujúcich finančné záujmy EÚ a narušilo funkčný mechanizmus podávania správ medzi Európskou prokuratúrou a špeciálnou prokuratúrou. Takisto by to odstavilo EPPO od špecializovaných vyšetrovateľov Národnej kriminálnej agentúry (NAKA) bez primeranej náhrady a viedlo by to k presmerovaniu väčšiny prípadov EPPO zo Špecializovaného trestného súdu na nižšie súdy s malými odbornými znalosťami v oblasti trestných činov v kompetencii EPPO.

Šéf Progresívneho Slovenska (PS) Michal Šimečka upozornil, že záver európskej prokuratúry explicitne hovorí o riziku ohrozenia právneho štátu na Slovensku v kontexte tzv. mechanizmu kondicionality, na základe ktorého boli Maďarsku obmedzené eurofondy. "To je veľmi nebezpečné nielen pre spravodlivosť na Slovensku, ale aj pre náš budúci ekonomický rozvoj," doplnil Šimečka s tým, že sa ukázalo, že je lož, že by sa v tomto prípade iba harmonizovali slovenské zákony s európskym právom.