Toto rozhodnutie vydal premiér Pellegrini 26. januára 2020, krízový štáb zasadol o deň nato. Prvý prípad koronavírusu na Slovensku sa potvrdil až 6. marca 2020. Išlo o 52-ročného muža z Kostolišťa pri Malackách, ktorý bol hospitalizovaný v Bratislave. Nakazil sa od syna, ktorý bol v Benátkach.

Nový koronavírus bol prvýkrát zaznamenaný koncom roka 2019 v čínskom meste Wu-chan.

Riziko šírenia ochorenia v Európe bolo podľa vtedajšieho hlavného hygienika Jána Mikasa mierne. Turistom odporúčal zaočkovať sa proti chrípke najmenej dva týždne pred cestou.

Slovensko podniklo hneď na začiatku viaceré preventívne opatrenia proti šíreniu choroby. Preverila sa pripravenosť na letiskách či na dvoch hraničných prechodoch, ale aj v nemocniciach. Pellegrini vtedy vyzval verejnosť na očkovanie proti chrípke a nešírenie paniky. Odporúčal tiež zvážiť cestovanie do zahraničia.

Každý občan SR dostal 6. a 7. marca 2020 SMS, v ktorej ministerstvo zdravotníctva odporučilo kontaktovať lekára telefonicky pri podozrení na nákazu novým koronavírusom.

Dosluhujúca vláda Petra Pellegriniho na svojom zasadnutí 11. marca vyhlásila mimoriadnu situáciu z dôvodu ohrozenia verejného zdravia druhého stupňa s platnosťou od 12. marca. Vláda tiež 15. marca vyhlásila pre štátne nemocnice na Slovensku núdzový stav, ktorý bol v ďalších dňoch rozšírený na ďalšie zdravotnícke zariadenia a na domovy sociálnych služieb. Ten platil od 16. marca od 6.00 h až do polnoci z 13. na 14. júna, keď ho zrušila vláda Igora Matoviča.

Prvou obeťou pozitívne testovanou na koronavírus bola seniorka, ktorá zomrela 18. marca 2020. Podľa pitvy bol príčinou úmrtia infarkt. Ďalší pacient s koronavírusom zomrel na zápal pľúc 31. marca doma po tom, ako ho prepustili z bojnickej nemocnice. Obe úmrtia oficiálne potvrdil 6. apríla minister zdravotníctva Marek Krajčí.

Šírenie ochorenia si na Slovensku vyžiadalo vyše 22-tisíc obetí.